La ciencia ya no es un saber al servicio de la fe, posee un objetivo distinto y se acepta y fundamenta por razones diversas. Los medios para lograr tal objetivo también son diferentes:

• Ciencia-> Conocimiento ->Experiencias sensatas y Demostraciones necesarias

• Fe ->Salvación ->Autoridad de las Sagradas Escrituras

Si la ciencia es autónoma con respecto a la Fe, con mayor razón debe ser autónoma con respecto a todo tipo de lazo con la autoridad de Aristóteles o cualquier otro texto que se aduzca como prueba. Es contraria al saber dogmático. Galileo no niega escuchar a Aristóteles, al contrario, tal como se observa en los Diálogos a veces apela al propio Aristóteles, criticando a Simplicio que repita ciegamente las opiniones del maestro, y preguntándose cuál sería la opinión de éste si viviera en el tiempo presente y observara el cúmulo de novedades. Aceptaría las nuevas opiniones derivadas de las nuevas experiencias ya que esa era su orientación metodológica. De esta forma Galileo está liberando el camino de la ciencia de un gran obstáculo epistemológico: el autoritarismo de una tradición que bloquea el avance de la ciencia.

La ciencia de Galileo es autónoma, contraria a las pretensiones del saber dogmático y es la ciencia de un realista. Galileo razona como un físico, él mismo se considera a veces más filósofo (en el sentido de físico) que matemático. Al igual que demandara Copérnico, la ciencia no es un conjunto de instrumentos calculísticos útiles. Por el contrario, la ciencia aspira a ofrecer una descripción verdadera de la realidad.

Sin embargo, la ciencia sólo puede ofrecer tal descripción verdadera, sólo puede llegar hasta los objetos y ser, por lo tanto, objetiva, con la condición de establecer una distinción fundamental entre:

• Cualidades objetivas o primarias: cuantitativas y mensurables: lugar, figura, tamaño y movimiento.

• Cualidades subjetivas o secundarias: colores, olores, sabores. No existen en el objeto sino en el sujeto que siente y percibe

La ciencia es objetiva porque no se interesa por las últimas, cualidades que son variables, sino que atiende a aquellos aspectos de los cuerpos que al ser cuantificables y mensurables son iguales para todos. La ciencia tampoco pretende "determinar la esencia verdadera e intrínseca de las substancias naturales". Esta ciencia descriptiva de la realidad objetiva y mensurable es posible porque la "naturaleza está escrita en lenguaje matemático".

Limitarse a las cualidades objetivas, a las cualidades geométricas y mensurables implica la exclusión del ser humano del universo investigado por la física, la exclusión de un cosmos de cosas y objetos ordenados y jerarquizados en función del ser humano. Además, a través de la eliminación de las causas finales a favor de la indagación de las causas mecánicas y eficientes, se sustituye la imagen de un universo antropocéntrico u organicista de Aristóteles y la tradición escolástica por un universo más o menos determinista y mecanicista.  

Galileo estaba convencido de que el conocimiento humano no había alcanzado su tope en la ciencia griega y de que se podían abrir nuevas perspectivas mediante la aplicación de la geometría a los problemas físicos. Antes del S. XVI, los estudiosos consideraban que los desarrollos históricos de la ciencia habían alcanzado su punto máximo en la ciencia griega, a la que había que acudir para obtener el conocimiento buscado. Galileo considera que la ciencia es investigación en desarrollo, el conocimiento, la ciencia, es perfectible, su progreso es ilimitado, porque la razón y la experimentación, los pilares del conocimiento, son también perfectibles. La actitud moderna de Galileo ante el desarrollo de la ciencia es evidente.